与首部《妹妹公主》完全没有关系,是一个全新的故事。与上一部不同,剧情上非常忠于原作小说,其中一项设定就是哥哥与各个妹妹分开居住,而每个妹妹都有各自的家。故事也不再以“兄”为主轴,改为由十二位妹妹为故事中心,主要环绕各妹妹对“兄”的想法。而“兄”也不再是第一部《妹妹公主》的海神航,总之就是十二位妹妹们的“兄”就是了。 这次动画分为两部份,上半段为剧情(故事篇),讲述哥哥与十二位妹妹们生活的故事,而每话的下半段为各个妹妹的个人故事(角色篇),是妹妹对哥哥的看法、爱慕、思念、憧憬……是妹妹们的内心独白。主线剧情主要环绕“兄”与各个妹妹的关系(当然妹妹之间也有要好的)。最后一集为30分钟的剧情结局。