太正十一年,以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治,率领手下的葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹,操纵着古代咒法生出的魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了守护帝都和民众,新的政府直属对降魔组织帝国华击团(简称“帝击”)花组成立了。 在米田一基、藤枝菖蒲的领导下,花组集结了6名具备高灵力的少女:真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱;神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇;俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘;自幼就因超常的灵力被隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝;在战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰;以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团的表面掩人耳目的花组,在魔物出现时就会变为守护帝都的战士,驾驶光武与敌人作战。 太正十二年春,苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎,《樱花大战》的故事就从这里开始。