本作以“人类世界最后的故事”之旗号,描绘了某一天因未知病毒的肆虐,人类面临着灭亡的窘境。此时,只有13岁以下的孩子们不会被病毒所感染,而这些孩子被从地下都市出现的吸血鬼所囚禁,并作为血液的供方用于饲养家畜。两位主人公——百夜优一郎和百夜米迦尔试图逃离,结果只有前者逃脱,后者则因濒死之际喝下了吸血鬼的血而成为了吸血鬼。为了替米迦尔报仇,对吸血鬼抱着满腔憎恶的优一郎决定加入帝鬼军,开始了与吸血鬼的战争……
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