由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团,在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋,企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。 之后,小智等人在旅途中因缺乏水源,而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说,众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋,而那神殿正是它的故乡,名为亚克夏。 随后,幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中,玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿;而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”,极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置,便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开...