作品讲述了人类开始对宇宙展开探索,几十年后,人类社会在产业发达、技术革新、科学发展、医学进步各个方面都大跃进。人们为了得到适应宇宙的肉体而开始大力推进基因操作的研究,而这些研究的结果便是几位主角的诞生。在几位主角长大到一定年龄的时候,他们进入学园都市格兰兹艾尔,并被赋予保护人类的任务,故事便由此展开了。 20世纪产业革命的大跃进之后,受到地球资源日益枯竭影响的人类,开始向宇宙寻求新的生存空间。为了适应宇宙环境,人类开始了对人体的改造。结果诞生出来的,便是主人公伊兹鲁等拥有“S级遗传基因”的人。脱离培养液后,伊兹鲁一行人被安放在选定的养父母身边,在经过一定时间的抚养之后,通过选拔考试进行筛选,建成了S级遗传基因儿童培养机关——学园都市格兰兹艾雷(‘グランツェーレ都市学院)。为了让“S级遗传基因儿”成为真正的“S(ACE)” ……伊兹鲁和同伴们的校园生活开始了!