故事发生在21世纪初叶的日本,此时的年号是"平诚"。虽然锁国政策已经完结,但德川幕府的统治还在继续。 在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾,这里的部分学生对德川家进行反抗,学生会执行部称其为"丰臣狩猎",并对其进行镇压。本作的主人公——柳生道场的代理师傅柳生宗朗虽世代为德川效力,但他却对执行部的镇压行动抱有疑问,为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上,宗朗像往常一样进行修练,天花板上却忽然掉下一名手持双刀的美少女。