《变形小雷》讲述五年前,一次在大气层中的爆炸释放了纳米机器人。感染了地球上的每一个生物。这些纳米机器人能随机改变了生物自身结构。变异成为变种人系列。为了保护地球和被纳米机器人控制的生物,成立天命组织。小雷原本只是普通的青少年,他也一样感染纳米机器人。但与别人不同的是,他不仅不被纳米机器人控制,反而还能自己控制纳米机器人。有了这样的超能力,他在 天命组织的006的帮助下。阻止变种人的破坏,保护被纳米机器人控制的人。