《高校舰队OVA》讲述生于大海,守护大海,去往大海 那就是蓝色人鱼! 距今约100年前,由于板块运动,日本的大部分国土被水淹没而消失。 为了保全国土而接连建成的水上都市不知何时成为了海上都市,随着连结它们的航路增大,需要更多的人员来保护海洋安全。 由此,工作的女性进出海上、守护海洋安全的职业蓝色人鱼成为了女学生们憧憬的存在。 在这样的时代,幼时好友的岬明乃和知名萌香,和拥有成为蓝色人鱼这一目标的伙伴们一起,进入了横须贺的海洋高中学习。