《魔幻组曲棱镜娜娜》讲述故事舞台发生在比现代稍微更远一些的未来世界。处在思春期感情丰富纤细的少女们,敲开了属于她们各自的可能性之门。作品中有三位主要角色,第一位少女是一位率直、一心一意的女孩子,名为鹫冈至;第二位少女是老字号的继承人,也是严格要求自身修养的大小姐,名为浅木飞鸟;第三位少女则是从大都市转学而来,稍微有些喜欢做出不合年龄的大人发言的女孩子,名为织部琴音。围绕着这三位魔法少女而展开的,发生在近未来的全新魔法旅程又将开启。