《东京残响》讲述故事从某个夏日开始，在那天东京突然遭到了大规模的炸弹恐怖袭击，而制造了使这个国家从平稳的睡眠中醒来的事件的犯人竟然只是两个少年。自称是斯宾克斯的犯人们将日本卷入其中的壮大游戏现在正式开始。
